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Durée de l’excrétion du virus cultivable dans l’infection par SARS-CoV-2 Omicron (BA.1)

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Pour l’éditeur:

La variante B.1.1.529 (omicron) du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) a une période d’incubation plus courte et un taux de transmission plus élevé que les variantes précédentes.1,2 Récemment, les Centers for Disease Control and Prevention ont recommandé de raccourcir la période d’isolement stricte pour les personnes infectées dans les établissements autres que les soins de santé de 10 jours à 5 jours après l’apparition des symptômes ou après le test positif initial, suivi de 5 jours de masquage.3 Cependant, la cinétique de désintégration virale du variant omicron et la durée d’excrétion du virus cultivable n’ont pas été bien caractérisées.

Nous avons utilisé un échantillonnage longitudinal d’écouvillons nasaux pour la détermination de la charge virale, le séquençage et la culture virale chez des patients ambulatoires atteints d’une maladie à coronavirus nouvellement diagnostiquée 2019 (Covid-19).4 De juillet 2021 à janvier 2022, nous avons recruté 66 participants, dont 32 avec des échantillons qui ont été séquencés et identifiés comme la variante B.1.617.2 (delta) et 34 avec des échantillons qui ont été séquencés et identifiés comme la sous-variante omicron BA.1, inclus de sous-lignages. Les participants qui ont reçu des thérapies spécifiques au Covid-19 ont été exclus ; tous les participants sauf 1 avaient une infection symptomatique. Cette étude a été approuvée par le comité d’examen institutionnel et le comité de biosécurité institutionnel de Mass General Brigham, et le consentement éclairé a été obtenu de tous les participants.

Décomposition virale et temps de culture virale négative.

Le panneau A montre la décroissance de la charge virale à partir du premier test positif de réaction en chaîne par polymérase (PCR). Les charges virales des échantillons d’écouvillonnage nasal obtenus auprès de participants individuels sont présentées. Chaque cercle ou triangle représente un échantillon obtenu le jour spécifié. La charge virale médiane à chaque instant pour chaque variante est également indiquée. LOD indique la limite de détection. Les panneaux B à E montrent les courbes de survie de Kaplan – Meier pour le temps d’un test PCR positif initial à un test PCR négatif, selon la variante virale (panneau B) et le statut de vaccination (panneau D), et le temps d’un test PCR positif initial à une culture virale négative, selon le variant viral (Panel C) et le statut vaccinal (Panel E). Dans tous les panneaux, les zones ombrées indiquent des intervalles de confiance à 95 %. Le séquençage a montré que toutes les souches variantes d’omicron étaient la sous-variante BA.1, y compris les sous-lignées.

Les caractéristiques des participants étaient similaires dans les deux groupes variants, sauf que plus de participants infectés par l’omicron avaient reçu un vaccin de rappel que ceux infectés par le delta (35 % contre 3 %) (tableaux S1 et S2 dans le Annexe supplémentaire, disponible avec le texte intégral de cette lettre sur NEJM.org). Dans une analyse dans laquelle un modèle à risques proportionnels de Cox ajusté en fonction de l’âge, du sexe et du statut vaccinal a été utilisé, le nombre de jours entre un test de réaction en chaîne par polymérase (PCR) positif initial et un test PCR négatif (rapport de risque ajusté , 0,61 ; intervalle de confiance à 95 % [CI]0,33 à 1,15) et le nombre de jours entre un test PCR positif initial et la conversion de la culture (rapport de risque ajusté, 0,77 ; IC à 95 %, 0,44 à 1,37) étaient similaires dans les deux groupes variants (Figures 1A à 1C et S1 à S3, et les tableaux S3 à S5). Le temps médian entre le test PCR positif initial et la conversion de la culture était de 4 jours (intervalle interquartile, 3 à 5) dans le groupe delta et de 5 jours (intervalle interquartile, 3 à 9) dans le groupe omicron ; le délai médian entre l’apparition des symptômes ou le test PCR positif initial, selon la première éventualité, et la conversion de la culture était de 6 jours (intervalle interquartile, 4 à 7) et de 8 jours (intervalle interquartile, 5 à 10), respectivement. Il n’y avait pas de différences appréciables entre les groupes dans le temps de conversion par PCR ou de conversion de culture en fonction du statut vaccinal, bien que la taille de l’échantillon soit assez petite, ce qui a conduit à une imprécision des estimations (Figures 1D et 1E).

Dans cette cohorte longitudinale de participants, dont la plupart avaient une infection Covid-19 symptomatique et non sévère, la cinétique de désintégration virale était similaire avec l’infection omicron et l’infection delta. Bien qu’il ait été démontré que la vaccination réduisait l’incidence de l’infection et la gravité de la maladie, nous n’avons pas trouvé de grandes différences dans la durée médiane de l’excrétion virale entre les participants non vaccinés, ceux qui ont été vaccinés mais non vaccinés et ceux qui ont été vaccinés et boosté.

Nos résultats doivent être interprétés dans le contexte d’un échantillon de petite taille, ce qui limite la précision, et la possibilité de confusion résiduelle dans les comparaisons en fonction du variant, du statut vaccinal et de la période d’infection. Bien que la positivité de la culture ait été proposée comme indicateur possible de l’infectiosité,5 des études supplémentaires sont nécessaires pour corréler la positivité de la culture virale avec la transmission confirmée afin d’éclairer les périodes d’isolement. Nos données suggèrent que certaines personnes infectées par les variantes omicron et delta du SRAS-CoV-2 excrètent le virus cultivable plus de 5 jours après l’apparition des symptômes ou un test positif initial.

Julie Boucau, Ph.D.
Caitlin Marino, BS
Institut Ragon, Cambridge, MA

James Regan, BS
Brigham and Women’s Hospital, Boston, MA

Rockib Uddin, B.S.
Hôpital général du Massachusetts, Boston, MA

Manish C. Choudhary, Ph.D.
James P. Flynn, BS
Brigham and Women’s Hospital, Boston, MA

Geoffrey Chen, B.A.
Ashley M. Stuckwisch, BS
Josh Mathews, Alb.
May Y. Liew, B.A.
Arshdeep Singh, BS
Taryn Lipiner, MPH
Hôpital général du Massachusetts, Boston, MA

Automne Kittilson, BS
Meghan Melberg, BS
Yijia Li, M.D.
Brigham and Women’s Hospital, Boston, Massachusetts

Rebecca F. Gilbert, B.A.
Zahra Reynolds, MPH
Surabhi L. Iyer, BA
Grace C. Chamberlin, B.A.
Tammy D. Vyas, BS
Marcia B. Goldberg, MD
Jatin M. Vyas, MD, Ph.D.
Hôpital général du Massachusetts, Boston, MA

Jonathan Z. Li, MD
Brigham and Women’s Hospital, Boston, MA

Jacob E. Lemieux, MD, D.Phil.
Mark J. Siedner, MD, MPH
Amy K. Barczak, M.D.
Hôpital général du Massachusetts, Boston, MA

Soutenu par des subventions (aux Drs Goldberg, JZ Li, Lemieux, Siedner et Barczak) du Consortium du Massachusetts pour la préparation aux agents pathogènesune subvention (au Dr Vyas) du Département de médecine de l’hôpital général du Massachusettset une subvention (P30 AI060354, au laboratoire BSL3 où des travaux de culture virale ont été effectués) du Harvard University Center for Acquired Immunodeficiency Syndrome Research.

Formulaires de divulgation fournies par les auteurs sont disponibles avec le texte intégral de cette lettre sur NEJM.org.

Cette lettre a été publiée le 29 juin 2022 et mise à jour le 6 juillet 2022 sur NEJM.org.

Drs. JZ Li, Lemieux, Siedner et Barczak ont ​​également contribué à cette lettre.

  1. 1. Abbott S, Sherratt K, Gerstung M, Funky S. Estimation de la distribution test à test en tant que proxy pour la distribution de l’intervalle de génération pour la variante omicron en Angleterre. Janvier dix, 2022 (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.01.08.22268920v1). préimpression.

  2. 2. Ito K, Piantham C, Nishiura H. Nombre de reproduction instantanée relative de la variante omicron SARS-CoV-2 par rapport à la variante delta au Danemark. J Med Virol 2022;94 :22652268.

  3. 3. Centres pour le Contrôle et la Prévention des catastrophes. Le CDC met à jour et raccourcit la période d’isolement et de quarantaine recommandée pour la population générale. Décembre 27, 2021 (https://www.cdc.gov/media/releases/2021/s1227-isolation-quarantine-guidance.html).

  4. 4. Siedner MJ, Boucau J, Gilbert RF, et coll. Durée de l’excrétion virale et positivité de la culture avec les infections à variant delta du SRAS-CoV-2 après la vaccination. Aperçu JCI 2022;7(2):e155483e155483.

  5. 5. Wölfel R, Corman MV, Guggemos W, et coll. Bilan virologique des patients hospitalisés atteints de COVID-2019. La nature 2020;581 :465469.

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