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Tous les gènes sont-ils associés au cancer ?

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Un nouvel article soutient que la recherche existante a lié trop de gènes au cancer. Hiroshi Watanabe/Getty Images
  • Il y a beaucoup plus de recherche sur le cancer que tout autre sujet biomédical.
  • Peut-être principalement en raison de la facilité relative avec laquelle les scientifiques peuvent mener des recherches génétiques sur le cancer, presque tous les gènes humains sont associés à la maladie d’une manière ou d’une autre.
  • Un nouvel article remet en question la validité de bon nombre de ces associations et suggère que les chercheurs envisagent de poursuivre d’autres voies d’investigation.

Le cancer est, de loin, le sujet biologique ou biomédical le plus étudié, et pour cause. Au Royaume-Uni, le cancer affectera 1 sur 2 personnes à un moment donné de leur vie.

Cependant, une nouvelle analyse de la PubMed La bibliothèque de littérature sur la recherche biomédicale constate que la recherche de liens entre les gènes et le cancer a créé une surabondance d’associations signalées, rendant les nouvelles recherches encore plus difficiles.

À ce stade, presque tous les gènes humains ont un lien avec le cancer d’une manière ou d’une autre.

Selon l’article paru dans Tendances en génétique, la PubMed bibliothèque contient au moins un article sur 17 371 gènes humains. Parmi ceux-ci, 87,7 % mentionnent le cancer dans au moins une publication.

Sur les 4 186 gènes qui font l’objet d’au moins 100 articles PubMed, seuls trois gènes n’ont aucune association avec le cancer.

L’auteur du nouvel article, Dr João Pedro de Magalhães de l’Université de Liverpool au Royaume-Uni, écrit: “Un incroyable 24,4% de toutes les publications associées aux gènes dans PubMed mentionner le cancer.

Le Dr de Magalhães soupçonne que cette richesse d’associations est liée à la facilité relative d’effectuer des recherches sur le cancer d’un point de vue génétique :

« Comparé à d’autres maladies courantes, telles que les maladies cardiaques ou neurodégénératives, le cancer est également apparemment plus simple à étudier, étant donné la grande disponibilité de matériaux, tels que les lignées cellulaires.

En d’autres termes, les méthodes expérimentales nécessaires pour étudier le cancer semblent avoir des limites techniques inférieures à celles de nombreux autres scénarios de maladies.

Les nombreux liens cités dans la recherche impliquent que presque tous les gènes sont impliqués dans le cancer, ce qui est improbable, affirme le Dr de Magalhães.

Les associations ne sont pas nécessairement la preuve de relations causales réelles, de sorte qu’une grande partie de cette recherche peut équivaloir à un bruit statistique inutile qui rend l’analyse productive plus difficile.

L’analyse cite plusieurs façons dont la surabondance d’associations signalées inhibe des recherches valables :

  • Cela porte atteinte à l’intégrité des subventions car «l’étude de presque tous les gènes humains peut être justifiée (par exemple, dans les demandes de subvention) sur la base de la littérature existante par sa pertinence potentielle pour le cancer», indique l’étude.
  • Des études pangénomiques et analyses à haut débit sont plus susceptibles de capturer une gamme inutile d’associations gène/cancer, avec un si grand nombre existant dans la littérature. L’article trouve une probabilité supérieure à 99% que trois gènes ou plus se retrouvent dans un résultat.
  • Les biais dans les publications de recherche sur le cancer peuvent affecter l’intégrité des analyses de réseau, “comme les interactions protéine-protéine, qui sont influencées par le nombre d’études de chaque protéine”.

Le Dr de Magalhães écrit que les chercheurs doivent être conscients du parti pris en faveur de la recherche d’associations de gènes pour le cancer, en tenir compte dans leurs discussions avec d’autres chercheurs et dans l’évaluation de leurs travaux :

« En génétique et en génomique, tout est littéralement associé au cancer. Si un gène n’a pas encore été associé au cancer, cela signifie probablement qu’il n’a pas été suffisamment étudié et qu’il sera très probablement associé au cancer à l’avenir.

Selon le Dr de Magalhães, “Dans un monde scientifique où tout et chaque gène peut être associé au cancer, le défi consiste à déterminer quels sont les principaux moteurs du cancer et les cibles thérapeutiques les plus prometteuses.”

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